陈士杰原本是参加院试考取举人的，但由于其府试成绩好，由学政梁同新推荐，1849年以拔贡身份参加廷试。在参加考试前，士杰和很多参考的士子一起喝酒论文。酒酣耳热之际，士子们对考试题目进行了猜测。按常理策论就是时论，一般和时势有关，士杰心里猜测题目可能和薛执中案有关。薛执中，陈士杰接触过，曾经给老师曾国藩治过病，治前言过其实，事后却没有任何效果。曾接触过两次后，就再不愿交往。据《清实录》记载：“薛执中者，甘肃河州人，以符咒惑众。至京师，藉术医病，朝贵多与往来。遂妄议时政，谈休咎，行踪诡秘，为巡城御史曹茂坚捕治，中外大臣牵连被谴者众。”这个薛执中类似现代的胡万林。

　　当廷试题目出来后，大家一看是“务民之义敬鬼神而远之”，这与当时陈士杰的猜测是一致的。这句话出自《论语》“务民之义敬鬼神而远之可谓知矣。”由于事先有预测，陈士杰策论见解独到，被评为一等。接下来是考诗，诗题为《兴雨祁祁》，这句话出自《诗经·大田》：“有濞萋萋，兴雨祁祁。雨我公田，遂及我私。”主试者批他的卷子，“惊才绝艳，我等羡羡”。京师当时的习气，主试者重诗不重文。陈士杰会考后以诗谒拜各位老师，大家都相信他必能中选，但笑称诗中有很多朴直憨厚辞句，恐怕要到户部做“财粮官”了。

　　几天后朝考于保和殿，诗题《秋光先到野人家》。这名话出自陆游的《秋怀》：“园丁傍架摘黄瓜，村女沿篱采碧花。城市尚余三伏热，秋光先到野人家。”最后综合成绩，陈士杰朝考一等第一名。按清例，朝考得拔贡一等，及二等前数名者，拣选引见皇上，与考得进士那样，可被录用为京官、地方官或儒官。其他二等和三等，共数百名及第者，作为拔贡生送国子监读书，候选录用。陈士杰被引见皇上于勤政殿，被分发到户部。

　　陈士杰录分发到户部任七品京官，当时的户部主事是阎敬铭。阎敬铭(1817-1892)字丹初，清代朝邑县(今属大荔县)人，清光绪任东阁大学士，为官清廉耿介，是我国历史潮流上为数不多的理财专家，有“救时宰相”之称。名重天下的“阎王”对陈士杰的朴实无华也是相当赞赏的，称陈士杰“内朗外朴”。陈士杰中廷试头名后，便留在北京任七品小京官，同李翰章一道常出入曾国藩的家中。史载：“酒罢投壶，惟侍郎与合肥李总督立三马。”果然后来两人都成为曾国藩器重的门生。

　　户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。陈士杰在户部，管的是疆土，先是负责《皇朝文献通考》中的“田赋考”和“牧令书节要”等组稿工作。

　　转眼间已三年，按清制为“京察”年，京察是吏部考核京官的一种制度，每三年一次，以“四格”、“八法”为升降标准。

　　“四格”为：守、政、才、年。每格按其成绩列为称职、勤职、供职三等。列一等者记名，得有升任外官的优先权。“八法”为：贪、酷、无为、不谨、年老、有疾、浮躁、才弱。分别给以提问、革职或降级调用的处分，年老和有疾者退休。

　　咸丰元年，京察由咸丰的老师、协办大学士杜受田亲自统筹监督，进行了一个多月终于完工。户部的阎敬铭和陈士杰都列优等。阎敬铭时任正六品的户部主事，陈士杰更是比他还低一级，仅仅是一名户部的七品小官。

　　京察记一等者按例或早或晚会官加一级，并且得到出京任外官的优先权。可正当陈士杰踌躇满志时，这时接到老家书信，说是父亲陈维之已经去世了。