陈毓英的第二大功绩是在抗日战争时期，投笔从戎，作为抗日将领(授少将)，光荣负伤。

　　1937年“七·七”事变后，陈毓英跟随程潜上到了抗战第一线。1938年，程潜被任命为天水行营主任 (辖西北五省陕、甘、宁、青、新及第一、第二、第八、笫十战区)，统一指挥中国的北战场。陈毓英也被委任为五省行营秘书，授少将军衔，职位十分重要，常跟随程潜参与办理西北各省、四大战区的军政大事。

　　1939年3月7日，日本飞机对西安进行轰炸。在日本间谍的指引下，日机找到了行营位置，炸塌了防空洞，死伤一百多人。陈毓英命大幸免，原因很具戏剧性：由于他身负重责，警报拉响后，还要收拾重要文件，所以被多次催促，仍迟迟不走。钻防空洞时，别人都到了里面，他还在洞口。防空洞被炸塌后，抢救的人挖开洞口，首先看到的就是他肩上的“将星”，赶忙抢救。结果是，跑得快的人，许多在里面闷死了，迟迟不肯进洞的他却活了下来。只是他左臂负伤，加之受气浪冲击，已不省人事。

　　陈毓英负伤后，被送往大后方治伤，后来由于战事的变动，再也无法回到战场。日本投降前夕，他携妻子和儿子，回到了故乡桂阳县泗州寨老家暂避(1862年，陈士杰奉旨在泗洲寨建立官厅和花厅)。

　　陈毓英有两次婚姻，第一次娶的是浏阳凌氏，育有一子两女，第二次娶的是长沙曾氏，育有4子。解放前夕，子陈秉粹跟随姑父龙次云(陈诚的部下，曾任台北警备司令。)去了台湾，后任台北军政大学教授。女陈玄迁居香港，终生未嫁。

　　中华人民共和国成立后，程潜电报召陈毓英回长沙。陈毓英是程潜家中的常客，多年不见，程潜和夫人郭翼青特意在家中设宴，为抗日负伤的他“压惊”。座中程潜问：“新国家成立了，季和(陈毓英字)有何打算?”陈毓英回答：“我是个干铁路的，不懂政治，粤汉铁路修好了，恐怕就没有我多少事了。”此后，陈毓英被委任为湖南省政府文史馆馆员、湖南省政府参事室参事等闲职。

　　程潜又曾问陈毓英：“参事室的参事，既可留在长沙，也可回原籍赋闲，每月工资照寄，季和属意哪种呢?”陈毓英说：“我国内的大儿子秉勤还在读书，身边的3个子女，秉泽、秉诚、秉安都未长大。长沙米贵，居大不易，我还是回桂阳老家吧。”就这样，陈毓英在1953年携全家回到了桂阳。其时泗洲寨的官厅和花厅已作为大队部和人民公社的办公用所了，陈毓英的最后近20年的岁月中，辗转居住于桂阳县城何家巷、七里街、高码头等地。

　　陈毓英对湖南文史深有研究，他与何伯言老人(黄克诚大将的老师)、陈道亨(陈毓英兄，培才中学倡办人之一)、刘咏增等人一起，整理出有关蔡伦、赵子龙、胡腾等的文献，这是建国后桂阳县第一批历史资料。并为保护桂阳县文庙、胡腾悬棺等多次向省政府呼吁，可惜声微力薄，无益于事。